Nach dem Fall des Eisernen Vorhangs haben sich die wirtschaftlichen Beziehungen zwischen Bayern und Tschechien rasch intensiviert. Entsprechend stark stieg das Transportaufkommen zwischen den Nachbarstaaten. Im Bereich Straße wurde darauf umgehend reagiert. In Bayern wurden seit der Grenzöffnung zahlreiche Straßen Richtung gemeinsamer Grenze massiv ausgebaut. Allein in den Jahren 2009 bis 2014 wurden 152 Mio. € in den Ausbau von Bundesstraßen und 25 Mio. € in den Ausbau von Staatsstraßen investiert.
Weit weniger erfreulich ist die Entwicklung im Schienenverkehr. Seit der Grenzöffnung hat der Schienengüterverkehr sogar abgenommen. Ursache hierfür ist vor allem die bis heute fehlende durchgängige Elektrifizierung der grenzüberschreitenden Bahnstrecken. Der Elektrifizierungsgrad des deutschen Schienennetzes liegt bei lediglich 59 % und damit zum Teil deutlich unter dem Wert europäischer Nachbarländer wie Polen (62%), Österreich (71%), Niederlande (76%), Belgien (86%) oder der Schweiz (99%). Besonders im bayerisch-tschechischen Grenzgebiet klaffen große Lücken. Die Elektrifizierung wäre nicht nur ein positiver Beitrag zum Klimaschutz, sondern würde auch den langläufigen grenzüberschreitenden Schienenverkehr deutlich verbessern, da damit das mehrmalige Umspannen der Lokomotiven entfallen würde
Die durch den Kalten Krieg entstandene Schienenlücke zwischen Selb und Aš wurde mittlerweile geschlossen. Das ist erfreulich, aber leider die Ausnahme - wichtige grenzüberschreitende Schienenprojekte warten bis heute noch auf ihre Realisierung. Ein Vierteljahrhundert nach dem Fall des Eisernen Vorhangs ist es höchste Eisenbahn, dass die Vereinigung Europas auch auf der Schiene vollzogen wird.
Bereits am 7. Juni 1995 unterzeichneten das Bundesministerium für Verkehr der Bundesrepublik Deutschland und das Ministerium für Verkehrswesen der Tschechischen Republik eine Vereinbarung zur Zusammenarbeit bei der Weiterentwicklung der Eisenbahnverbindung München / Nürnberg - Prag. Die Tschechische Republik hat ihren infrastrukturellen Teil der Vereinbarung, die neubaugleiche Modernisierung von Pilsen bis Eger, mit erheblichen Investitionen unter Einsatz von EU-Fördermitteln bereits 2012 erfüllt. Verkehrs-, wirtschafts- und gesellschaftspolitisch nicht zu akzeptieren ist die fehlende Priorisierung einer leistungsfähigen Schienenverkehrsverbindung zwischen den beiden Hauptstädten Prag und München. Auf deutscher Seite steht bisher die Streckenelektrifizierung München – Regensburg – Schwandorf – Furth im Wald – Grenze D/CZ - nur im potentiellen Bedarf des Bundesverkehrswegeplans , sie muss in den vordringlichen Bedarf des Bundesverkehrswegeplans aufgenommen werden, wie das gesamte Projekt Metropolenbahn, welches die Streckelektrifizierung München / Nürnberg, Prag vorsieht. Der grenzüberschreitenden Reise- und Güterverkehr muss möglichst umweltfreundlich gestaltet werden, dafür benötigen wir den Ausbau der Bahnstrecken. Das Gesamtprojekt Metrobolenbahn dient nicht nur den wirtschaftlichen Zentren beider Länder, sondern kommt auch den in den grenznahen Räumen wohnenden Menschen zugute.
Auch die Chancen des regionalen Schienenverkehrs müssen grenzüberschreitend genutzt und weiterentwickelt werden. Insbesondere ist auf der Strecke Plattling – Bayerisch Eisenstein/Železná Ruda – Klatovy – Pilsen das Nahverkehrsangebot auszubauen und ein attraktives Angebot an durchgehenden grenzüberschreitenden Regionalzügen anzustreben.