Die Johanniter betreiben und unterstützen derzeit rund 125 Flüchtlingseinrichtungen in ganz Deutschland. Sie errichten Notunterkünfte, übernehmen die medizinische Erstversorgung der Ankommenden und leisten soziale und pädagogische Betreuung und Beratung. Insgesamt betreuen die Johanniter im Rahmen ihrer Flüchtlingshilfe in Deutschland derzeit rund 50.000 Menschen. In Regensburg betreiben die Johanniter zur Zeit die Flüchtlingsnotunterkunft im St.-Michaels-Stift.
Deutlich wurde bei dem Besuch in der Flüchtlingsunterkunft, wenn der politische Wille vor Ort klar formuliert ist, Flüchtlingen Wege und Anknüpfpunkte in die Gesellschaft aufzuzeigen, und wenn Hilfsdienste und Verwaltung so gut und erfolgsorientiert zusammenarbeiten wie das in Regensburg der Fall ist, dann klappt das auch mit der Aufnahme von Hilfesuchenden. Beim Gespräch mit Martin Steinkirchner, Regionalvorstand der Johanniter-Unfall-Hilfe Ostbayern, Michael Vilsmeier, Leiter der Koordinierungsstelle "Flüchtlinge und Asylsuchende" der Stadt, sowie den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern vor Ort standen die aktuellen Probleme bei der Flüchtlingsintegration im Mittelpunkt, aber eben auch, das was gut läuft in Regensburg. Dem ehrenamtliche Engagement, ohne das die Arbeit vor Ort nicht funktionieren würde, gebührt eine hohe Anerkennung.